În timpul domniei sale a dus o politică de întărire a autorității princiare, lovind în boierime, care l-a numit "Ioan Vodă cel Cumplit". A vrut să ia domnia încă de la răsturnarea lui Alexandru Lăpușneanu de către Despot Vodă. Neizbutind și nefiind ajutat nici de tătari, polonezi sau germani, se retrage la Constantinopol. Exilat la Rhodos în urma insistențelor reînscăunatului Alexandru Lăpușneanu, ajunge negustor de pietre scumpe, obținând avere și trecere la Istambul. Punându-se în legătură cu boierii moldoveni, între care cu Ieremia Golia Cernăuțeanu, nemulțumit de prea multa plecare către polonezi a lui Bogdan Lăpușneanu, fiul lui Alexandru Lăpușneanu, jurând credință turcilor, Ioan Vodă câștigă tronul Moldovei. Bogdan Lăpușneanu e învins și gonit cu tot ajutorul polonez, ba chiar înlăturat și din Polonia. Văzându-și visul împlinit, caută să-și asigure tronul în exterior, punându-se bine și cu turcii și cu polonezii, pe de o parte, iar pe de alta asmuțindu-i pe unii împotriva altora prin tot felul de iscodiri, uneltiri și minciuni. Pe plan intern, persecută și chinuie cumplit pe boieri și clerici, de unde și supranumele de "cel Cumplit". În curând însă se ivesc piedici în domnia lui. Alexandru II Mircea și fratele său Petru Șchiopul, pătrund în primăvara anului 1574 în Moldova, cu sprijin turcesc, pentru a-l instala pe acesta din urma pe tronul principatului in locul lui Ioan Vodă. Aliat cu cazacii din Zaporoje, se aruncă într-un șir de lupte, care reprezintă momentele cele mai glorioase ale domniei acestui voievod.Întâmpină armata invadatoare a lui Alexandru Vodă al Munteniei, care susținută și de un contingent otoman îl aducea pe Petru Șchiopul domn în Moldova, învingând-o într-o acțiune fulgerătoare lângăJiliște, la vadul Râmna (Râmnicu Sărat). Pune laTârgoviștedomn pe un credincios de-al său, Vintilă, îndreaptându-se apoi spre Brăila, unde se refugiase Petru Șchiopul. Aici se dă o bătălie în care Ioan Vodă învinge, după care se îndreaptă spre Bugeacpentru a-i sprijini pe cazaci. Învinge trei corpuri de oaste turcească la Tighina și Cetatea Albă. Are loc o nouă expediție în vara lui 1574, alcătuită din turci, tătari și munteni. În timp ce Ioan Vodă îi învinge și alungă pe tătari, Golia e trimis să-i țină pe turci la Dunăre. Turcii reușesc să treacă iar Golia fuge spre Ioan Vodă aflat cu oștirea lângă iezerul Cahulului, direcție în care se îndreaptă și oastea turcă. Aici se dă lupta și călărimea boierilor în frunte cu Golia trece la dușman. Sosirea tătarilor îi copleșește pe moldoveni, care se retrag în satul Roșcani, în apropiere. După o lungă și eroică, dar și zadarnică rezistență, Ioan Vodă s-a predat, primind asigurări că oștenii săi vor fi, în schimb, cruțați. Turcii îl ucid însă leagându-l de cozile a doua cămile, pentru a-l sfârteca (10-11 iunie). Oștirea, care nu apucase să părăsească locul luptei, se întoarce atunci spre turci, și oștenii lui Ioan Vodă reîncep lupta pentru a răzbuna moartea mișelească a voievodului.